轉(zhuǎn)錄組測序
轉(zhuǎn)錄組測序的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某種功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，目前該測序技術(shù)主要針對(duì)mRNA。轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在檢測基因表達(dá)水平變化的同時(shí)，還能發(fā)現(xiàn)稀有轉(zhuǎn)錄本，精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)、基因融合，提供最全面的轉(zhuǎn)錄組信息。通過高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，已廣泛應(yīng)用于物種遺傳發(fā)育、改良，分子育種研究。
優(yōu)勢 01
常規(guī)建庫僅需200ng起，特殊樣品定制不同建庫方案，pg級(jí)微量樣品、難提取樣品等經(jīng)驗(yàn)豐富
優(yōu)勢 02
滾環(huán)擴(kuò)增構(gòu)建DNB測序文庫，PCR擴(kuò)增錯(cuò)誤不會(huì)累積，無index hopping之憂，低dup rate無需人為干預(yù)。
優(yōu)勢 03
DNBSEQ-T7、DNBSEQ-T20測序儀超高通量，周期短、性價(jià)比高；每個(gè)樣本交付10G以上數(shù)據(jù)，加量不加價(jià)。
產(chǎn)品應(yīng)用
生長發(fā)育的
生理機(jī)制
微生物感染
致病機(jī)理研究
復(fù)雜疾病
研究
癌癥研究及
標(biāo)記物
藥物作用機(jī)制
及靶點(diǎn)
免疫應(yīng)答、
干細(xì)胞研究
分子標(biāo)記物
物種全面
轉(zhuǎn)錄組圖譜
動(dòng)植物適應(yīng)
性機(jī)制研究
物種進(jìn)化研究
技術(shù)流程
測序策略：
PE100/PE150
推薦數(shù)據(jù)量：
6G起
項(xiàng)目執(zhí)行周期：
標(biāo)準(zhǔn)執(zhí)行周期為20個(gè)工作日
案例分析
3K水稻重測序&泛基因組研究
研究背景
研究策略
3,010份水稻（來自全球89個(gè)國家和地區(qū)）代表了全球78萬份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì)。通過全基因組重測序，每個(gè)樣本平均測序深度14X，利用重測序數(shù)據(jù)共檢測到32Mb的高質(zhì)量SNPs和InDels。對(duì)亞洲栽培稻群體的結(jié)構(gòu)和分化進(jìn)行了更為細(xì)致和準(zhǔn)確的描述和劃分，由傳統(tǒng)的5個(gè)群體增加到9個(gè)，分別是東亞（中國）的袖稻、南亞的袖稻、東南亞的袖稻和現(xiàn)代袖稻品種等4個(gè)袖稻群體，東南亞的溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體、以及來自印度和孟加拉的Aus和香稻。研究首次揭示了亞洲栽培稻品種間存在的大量微細(xì)結(jié)構(gòu)（＞100bp）變異（SVs，包括易位、缺失、倒位和重復(fù)）。著重研究453個(gè)測序深度＞20X的品系的SVs，利用SVs構(gòu)建的進(jìn)化樹與SNP構(gòu)建的進(jìn)化樹類似。大量的SVs可能是不同程度雜種不育和XI與GJ雜種衰退的遺傳基礎(chǔ)。同時(shí)構(gòu)建了亞洲栽培稻的泛基因組，包括12,770個(gè)（62.1%）核心（core）基因家族和9,050個(gè)（37.9%）分散式（distributed）基因家族。發(fā)現(xiàn)了1.2萬個(gè)全長新基因和數(shù)千個(gè)不完整的新基因。核心基因比較古老，大多數(shù)的新基因表現(xiàn)更年輕和長度偏短。
最初測序3,024份水稻樣本，后來進(jìn)行質(zhì)控過濾掉14份，最終保留3,010份水稻樣本進(jìn)行深度研究。3K RG測序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考基因組日本晴Nipponbare上檢泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因組序列和無冗余的新組裝的基因組序列構(gòu)建泛基因組。利用測序深度＞20X，比對(duì)深度＞15X的453個(gè)水稻材料進(jìn)行SVs和PAVs分析。a. 基因家族PAVsb. 泛基因組和一個(gè)單獨(dú)旳基因組旳組成成份c. 基于500個(gè)隨機(jī)篩選旳水稻基因組模擬泛 基因組和核心基因組d. 核心和分散式基因家族比例e. 兩個(gè)品系間基因家族平均數(shù)量差異f. 5733主要群組不平衡基因家族特性
