a. 工具簡(jiǎn)介

ImageStudio是時(shí)空組學(xué)線下圖像處理軟件，主要涉及圖像質(zhì)量評(píng)估和圖像手動(dòng)調(diào)整模塊（圖像拼接、組織分割和細(xì)胞分割）。圖像質(zhì)量評(píng)估主要從圖像清晰度和圖像track線兩個(gè)評(píng)估指標(biāo)對(duì)顯微鏡拍攝的圖像進(jìn)行評(píng)分，用于判斷是否滿足下游的數(shù)據(jù)分析。圖像的手動(dòng)調(diào)整模塊，主要針對(duì)自動(dòng)的拼接或者分割算法無(wú)法滿足的場(chǎng)景，借助手動(dòng)工具對(duì)圖像進(jìn)行處理。

b. 功能介紹

1. 圖像質(zhì)控

圖像質(zhì)控模塊主要評(píng)估時(shí)空組學(xué)項(xiàng)目中顯微鏡的圖像質(zhì)量是否滿足后續(xù)數(shù)據(jù)分析的需求。圖像質(zhì)控模塊主要包含："ssDNA/DAPI"和 DAPI&mIF 圖像QC、TIFF/PNG格式的圖片上傳及配置數(shù)據(jù)上傳方式三大功能。

2. 圖像拼接

圖像拼接模塊基于芯片自身Track線，用于手動(dòng)調(diào)整顯微鏡小圖的拼接效果，輸入文件應(yīng)為圖像QC結(jié)果為PASS的顯微鏡小圖文件。

3. 圖像校準(zhǔn)

圖像校準(zhǔn)模塊用于手動(dòng)調(diào)整 mIF 中蛋白與 DAPI 的校準(zhǔn)，主要從水平和垂直方向。輸入文件為 DAPI&mIF 圖像 QC 后的數(shù)據(jù)。

4. 組織分割

組織分割模塊用于手動(dòng)調(diào)整分割后的組織mask。